Clubul Inter Ilfov pune un accent deosebit pe dezvoltarea tinerei generații de fotbaliști, considerând că viitorul fotbalului local și național trece prin academiile și echipele de juniori. Structura complexă a clubului cuprinde echipe de juniori pentru toate categoriile de vârstă importante, de la U9 până la U19, inclusiv o secție dedicată fotbalului feminin, ceea ce reflectă o viziune largă și incluzivă asupra dezvoltării sportului. Performanțele echipelor de juniori din sezonul 2024-2025 sunt remarcabile și confirmă eforturile susținute ale clubului în acest domeniu. Echipa U15 a încheiat campionatul național pe locul 2, iar echipa U16 a obținut aceeași poziție în Campionatul Național, ambele rezultate fiind rodul muncii intense, al unității și al determinării jucătorilor și staff-ului tehnic. Echipa U19 s-a clasat pe locul 5 în campionatul național, demonstrând competitivitate și potențial pentru nivelul cel mai înalt de juniori. De asemenea, echipa U10 a avut un succes notabil câștigând finala turneului Spring Cup organizat la Complexul Sportiv Clinceni.